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編者按：對于多次取得股權后轉讓的，稅法規定轉讓方為個人以及非居民企業時，按照加權平均法確定股權成本。但對于居民企業轉讓股權，計算股權成本僅規定了按照“歷史成本”確定。但在實踐中，股權成本的確定是一個較為復雜的問題。本案中，原持有丙公司49%股權甲公司受托另行收購丙公司21%股權，并進而向委托收購方丁公司轉讓其持有的丙公司35%股權。稅企雙方對這一交易應當如何確認股權投資成本發生爭議。
一、基本案情
（一）甲公司與乙公司合資設立外商投資企業丙公司
甲公司經營范圍為銷售化工產品（除危險品）、醫藥中間體；醫藥新技術開發咨詢轉讓。2003年，甲公司、乙公司投資設立丙公司，甲公司出資1000萬元人民幣，乙公司出資125萬美元，折合人民幣1040.82萬，同時乙公司還負責承擔并保證丙公司搬遷和新廠建設費用1.4億元。增資后丙公司的注冊資本為2040.82萬元人民幣，甲公司和乙公司分別持有丙公司49%和51%的股權。
（二）2010年至2012年，丙公司以資本公積轉增注冊資本合計10230萬元
由于乙公司無法直接承擔丙公司搬遷和新廠建設費用1.4億元，甲公司和乙公司于2008年重新達成合意，2008年至2010年，乙公司取得的分紅扣除稅收后，計入丙公司資本溢價形成的資本公積的金額合計117,021,305.90元。
2009年12月，丙公司進行企業分立，丙公司注冊資本減少428萬元。其中，甲公司減少對丙公司的投資成本2,101,200元。
2010年，丙公司董事會作出決議，將形成的資本公積-資本溢價3000萬元人民幣轉增注冊資本；2012年，再次作出董事會決議將資本公積-資本溢價70,848,824.37元、資本公積-撥款轉入480,000.00元以及資本公積-其他資本公積971,375.63元，共計7230萬元轉增注冊資本。轉增后丙公司注冊資本變更為11842萬元（原注冊資本2040.82萬元-2009年分立減少注冊資本428萬元+資本公積轉增注冊資本10230萬元），甲公司和乙公司的持股比例保持49%和51%不變。
（三）丁公司收購丙公司股權一攬子交易
2012年，丁公司欲收購丙公司的股權，但受丁公司的主體資格限制等各種因素，丁公司無法進行直接收購，而是采取實施以下一攬子交易：
1.丁公司委托甲公司先行收購丙公司部分股權
2012年8月，甲公司與乙公司簽訂《股權轉讓協議》，將乙公司持有的丙公司21%股權以轉讓價折合人民幣53,613,252元轉讓給甲公司。
2.丁公司自甲公司處收購丙公司股權
2014年12月，甲公司與丁公司達成《股權轉讓協議》，甲公司將其持有的70%的丙公司的股權中的35%（含甲公司從乙公司處收購的丙公司21%股權），以轉讓價人民幣394,000,000元轉讓給丁公司。
（四）某市國家稅務局稽查局對甲公司進行稅務稽查
某市國家稅務局稽查局對甲公司2010年1月1日至2015年12月31日的納稅情況進行檢查，發現甲公司就其2014年12月向丁公司轉讓丙公司35%的股權（以下簡稱“涉案股權轉讓事項”）確認的長期股權投資成本為55,819,526元，確認投資收益338,180,474元。某國稅局稽查局認為甲公司上述行為違反《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第五十六條關于企業資產計稅基礎的規定，以及《關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函[2010]79號）第四條第二款“被投資企業將股權（票）溢價所形成的資本公積轉為股本的，不作為投資方企業的股息、紅利收入，投資方企業也不得增加該項長期投資的計稅基礎”，認定甲公司多計長期股權投資成本，少計2014年轉讓收益25,063,500元，構成偷稅。某市國家稅務局稽查局作出《稅務處理決定書》和《稅務處罰決定書》，要求甲公司補繳企業所得稅、滯納金，并處以少繳稅款0.5倍的罰款。
二、華稅觀點
（一）稅務機關認定涉案股權轉讓事項甲公司少計投資收益，屬于認定事實不清
根據《國家稅務總局關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函〔2010〕79號）第三條的規定：“企業轉讓股權收入，應于轉讓協議生效、且完成股權變更手續時，確認收入的實現。轉讓股權收入扣除為取得該股權所發生的成本后，為股權轉讓所得。企業在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額。”涉案股權轉讓事項中甲公司轉讓持有的丙公司35%股權給丁公司，按照上述規定，應計入投資收益的轉讓股權所得=轉讓股權收入-取得該股權發生的成本。
1.涉案股權轉讓事項中的轉讓股權收入
按照2014年甲公司與丁公司達成的《股權轉讓協議》，甲公司將其持有的70%的丙公司的股權中的35%，以轉讓價人民幣394,000,000元轉讓給丁公司。因此涉案股權轉讓事項的轉讓股權收入為394,000,000元。
2.涉案股權轉讓事項中取得該股權發生的成本
根據《企業所得稅法實施條例》第五十六條的規定：“企業的各項資產，包括固定資產、生物資產、無形資產、長期待攤費用、投資資產、存貨等，以歷史成本為計稅基礎。前款所稱歷史成本，是指企業取得該項資產時實際發生的支出。”股權符合投資資產的定義，屬于企業對外進行權益性投資形成的資產。按照《企業所得稅法實施條例》第七十一條的規定，投資資產按照以下方法確定成本：通過支付現金方式取得的投資資產，以購買價款為成本；通過支付現金以外的方式取得的投資資產，以該資產的公允價值和支付的相關稅費為成本。
本案中，由于涉案股權轉讓事項屬于丁公司收購丙公司股權一攬子交易中的一個環節，2012年甲公司自乙公司處受讓21%丙公司的股權是為了2014年將該部分股權轉讓給丁公司。根據實質課稅原則，即對于某種情況不能僅根據其外觀和形式確定是否應予課稅，而應根據實際情況，尤其應當注意根據其經濟目的和經濟生活的實質，判斷是否符合課稅要素，以求公平、合理和有效地進行課稅。涉案股權轉讓事項中，甲公司向丁公司轉讓的丙公司35%股權中包含兩部分，一部分是甲公司2012年以人民幣53,613,252元自乙公司處受讓的丙公司21%股權；一部分是甲公司原始出資持有丙公司49%股權中的14%。因此，涉案股權轉讓事項中，甲公司取得丙公司35%股權發生的成本=甲公司2012年自乙公司處受讓的丙公司21%股權的成本+甲公司原始出資持有丙公司49%股權中的14%股權的成本。
（1）甲公司2012年自乙公司處受讓丙公司21%股權的成本
根據上述法律規定，甲公司2012年8月自乙公司處受讓的丙公司21%股權的計稅基礎應按照取得該股權時實際發生的支出確定，甲公司是通過支付現金方式取得該部分股權的，以購買價款為成本。按照乙公司和甲公司簽訂的《股權轉讓協議》，甲公司購買丙公司21%股權的購買價款折合人民幣53,613,252元，因此甲公司2012年自乙公司處受讓丙公司21%股權的成本為53,613,252元。
（2）甲公司原始投資持有丙公司14%股權的成本
甲公司原始投資持有丙公司49%股權，支付現金對價為10,000,000元；2009年丙公司進行分立，丙公司注冊資本減少428萬元，相應的甲公司持有的丙公司49%的股權成本減少2,101,200元。根據上述法律規定，甲公司原始投資持有丙公司14%股權的計稅基礎=（10,000,000-2,101,200）÷49%×14%=2,256,800元。甲公司向丁公司轉讓的丙公司35%股權計稅基礎=53,613,252+2,256,800=55,870,052元。
根據上述分析，甲公司向丁公司轉讓其持有的35%丙公司的股權,應計入投資收益的股權轉讓所得=394,000,000-55,870,052=338,129,948元。而甲公司實際申報2014年企業所得稅時，甲公司確認35%的長期股權投資成本為55,819,526元,確認投資收益338,180,474元。甲公司并未少計投資收益，實際上多計投資收益50,526元，多繳納了企業所得稅12,631.50元。
（二）稅務機關依據國稅函[2010]79號認定甲公司少計投資收益，適用法律錯誤
稅務機關經過檢查，簡單地根據《關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函[2010]79號）第四條第二款“被投資企業將股權（票）溢價所形成的資本公積轉為股本的，不作為投資方企業的股息、紅利收入，投資方企業也不得增加該項長期投資的計稅基礎”，認定甲公司不應將資本公積轉增注冊資本部分計入長期股權投資成本，少計投資收益，屬于適用法律錯誤。
2010年，丙公司董事會作出決議，將形成的資本公積-資本溢價3000萬元人民幣轉增注冊資本；2012年6月，再次作出董事會決議將資本公積7230萬元轉增注冊資本，其中包括資本公積-資本溢價70,848,824.37元、資本公積-撥款轉入480,000.00元以及資本公積-其他資本公積971,375.63元，共計7230萬元轉增注冊資本。甲公司按照持股比例49%，增加長期股權投資成本5012.7萬元。
該條僅規定股權（票）溢價所形成的資本公積轉為股本的，投資方企業不得增加該項長期投資的計稅基礎。稅務機關依據上述規定，認為丙公司2012年資本公積轉增注冊資本7230萬元，包括其中的資本公積-撥款轉入480,000.00元以及資本公積-其他資本公積971,375.63元轉增注冊資本部分，甲公司都不得增加長期股權投資成本。在此基礎上認定甲公司多計長期股權投資成本，少計投資收益，屬于適用法律錯誤。
小結：
實踐中，存在很多委托收購的情形，如何適用“歷史成本”確定股權成本，還應該遵循實質課稅原則以及稅法公平原則。本案中，甲公司受丁公司委托先行收購丙公司21%股權，后將其持有的35%丙公司股權轉讓給丁公司。按照實質課稅原則，甲公司轉讓股權時股權成本應為收購21%丙公司股權的成本和原始投資持有14%丙公司股權的成本，其并未多計股權成本少計投資收益。
