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（一）稅收風險分析
建設方扣押總承包方質量保證金的稅收風險主要體現在：建設方與總承包方進行工程結算時，扣押的質量保證金部分，總承包方給建設方開具增值稅發票而提前繳納增值稅，占用了企業的流動資金。
（二）稅收風險控制的合同簽訂技巧
1、業主扣押質量保證金的會計核算和發票開具分析
在建筑總承包合同中必須有單獨的一項質量保證金條款，該條款必須明確：建筑施工總承包企業應在項目工程竣工驗收合格后的缺陷責任期內，認真履行合同約定的責任，缺陷責任期滿后，及時向建設單位（業主）申請返還工程質保金。建設單位（業主）應及時向建造施工企業退還工程質保金（若缺陷責任期內出現缺陷，則扣除相應的缺陷維修費用）。業主扣押質量保證金時，建筑施工企業的應如何進行發票開具？分析如下：
根據財稅〔2016〕36號附件1：《營業稅改征增值稅試點實施辦法》第四十五條第（一）項的規定，施工企業增值稅納稅義務時間具體規定如下：納稅人提供應稅服務并收訖銷售款項或者取得索取銷售款項憑據的當天；先開具發票的，為開具發票的當天。而《國家稅務總局關于在境外提供建筑服務等有關問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第69號）第四條規定：“納稅人提供建筑服務，被工程發包方從應支付的工程款中扣押的質押金、保證金，未開具發票的，以納稅人實際收到質押金、保證金的當天為納稅義務發生時間。”
基于以上稅收政策規定，業主扣押質量保證金時，建筑施工企業發票開具可以體現以下兩種情況：
第一種發票開具情況：建設方與總承包方進行工程結算時而扣押的質量保證金部分，總承包方可以向發包方開具建筑服務業的增值稅專用發票（當業主能夠抵扣增值稅進項的情況下）或增值稅普通發票（當業主不能抵扣增值稅進項稅的情況下）。
第二種發票開具情況：建設方與總承包方進行工程結算時而扣押的質量保證金部分，總承包方可以等到發包方給建筑總承包方支付質押金、保證金時，再給發包方開具建筑服務業的增值稅專用發票（當業主能夠抵扣增值稅進項的情況下）或增值稅普通發票（當業主不能抵扣增值稅進項稅的情況下）。
基于以上兩種開具發票情況下建筑施工企業的會計核算體現為以下兩種情況：
與第一種開具發票情況對應的建筑施工方的會計核算（以施工企業選擇一般計稅方法為例）：
借：其他應收款——應收發包方扣押質量保證金
貸：工程結算[發包方扣押質量保證金÷（1+11%）]
應交稅費——應交增值稅（增值稅銷項稅）[發包方扣押質量保證金÷（1+11%）×11%]
質保期過后，施工企業收到發包方支付的質押金、保證金時，施工企業的會計核算：
借：銀行存款
貸：其他應收款——應收發包方扣押質量保證金
與第二種開具發票情況對應的建筑施工方的會計核算（以施工企業選擇一般計稅方法為例）：
借：其他應收款——應收發包方扣押質量保證金
貸：工程結算[發包方扣押質量保證金÷（1+11%）]
應交稅費——應交增值稅（待轉銷項稅額）[發包方扣押質量保證金÷（1+11%）×11%]
質保期過后，施工企業收到發包方支付的質押金、保證金時，施工企業的會計核算：
借：應交稅費——應交增值稅（待轉銷項稅額）[發包方扣押質量保證金÷（1+11%）×11%]
貸：應交稅費——應交增值稅（增值稅銷項稅）[發包方扣押質量保證金÷（1+11%）×11%]
例如，某房地企業與建筑總承包方進行工程進度結算，結算價為1000萬元（含增值稅），房地產企業支付900萬元（含增值稅）給施工企業，扣押施工企業質量保證金100萬元（含增值稅）。如果建筑施工企業就房地產企業扣押的質量保證金100萬元，向房地產企業開具11%的增值稅普通發票的情況下，建筑施工企業的會計核算為：
借：其他應收款——應收房地產企業扣押質量保證金 100萬元
貸：工程結算[發包方扣押質量保證金÷（1+11%）] 90.09萬元
應交稅費——應交增值稅（增值稅銷項稅）[發包方扣押質量保證金÷（1+11%）×11%] 9.91萬元
如果建筑施工企業就房地產企業扣押的質量保證金100萬元，沒有向房地產企業開具11%的增值稅普通發票的情況下，建筑施工企業的會計核算為：
借：其他應收款——應收房地產企業扣押質量保證金 100萬元
貸：工程結算[發包方扣押質量保證金÷（1+11%）] 90.09萬元
應交稅費——應交增值稅（待轉銷項稅額）[發包方扣押質量保證金÷（1+11%）×11%] 9.91萬元
質保期過后，施工企業收到發包方支付的質押金、保證金時，施工企業的會計核算：
借：應交稅費——應交增值稅（待轉銷項稅額）[發包方扣押質量保證金÷（1+11%）×11%] 9.91萬元
貸：應交稅費——應交增值稅（增值稅銷項稅）[發包方扣押質量保證金÷（1+11%）×11%] 9.91萬元
2、業主扣押施工企業質量保證金的合同簽訂技巧
從以上分析可發現，建筑施工企業針對發包方從支付施工企業工程款中扣押的質量保證金問題，為了節約資金流，提高資金使用效益，在簽訂總承包合同時，必須在建筑承包合同中有質量保證金開具發票條款。該條款必須明確注明：發包方扣押的質量保證金部分，施工企業不開具發票；當質保期過后，施工企業收到發包方支付的質量保證金時，選擇一般計稅方法計征增值稅的施工企業開具11%稅率的建筑服務業的增值稅專用發票（當業主能夠抵扣增值稅進項的情況下）或增值稅普通發票（當業主不能抵扣增值稅進項稅的情況下）；選擇簡易計稅方法計征增值稅的施工企業開具3%稅率的建筑服務業的增值稅專用發票（當業主能夠抵扣增值稅進項的情況下）或增值稅普通發票（當業主不能抵扣增值稅進項稅的情況下）。
