根據審計署統一部署，山西省審計廳將組織大同、朔州、陽泉、呂梁、晉城、臨汾、運城市等8個市審計局對所在市的財政、發改、環保等有關部門及所屬縣（區）“十二五”期間重點流域水污染防治規劃執行及水污染防治資金的投入、管理、使用情況進行審計。6月16日至17日，山西省審計廳組織各市審計局分管局長、科長、主審及部分審計人員等60余人，舉辦了全省水污染防治資金審計培訓班，邀請審計署資源環境審計司、省環保廳的專家授課，學習貫徹審計署《水污染防治資金審計工作方案》。
此次審計目標是，踐行綠色發展理念，在摸清被審計地區財政投入水污染防治資金、項目實施、重點控制斷面和飲用水水源地水質變化、主要污染物減排等情況的基礎上，揭示水污染防治資金管理和項目實施中存在的重大問題和風險隱患，促進水污染防治資金整合盤活和效益發揮，推進重點項目建設，從體制、機制、制度層面分析問題產生的原因，提出加強和改進水污染防治工作的建議，推動相關政策措施完善，保障全省水環境安全。
審計重點是，圍繞“十二五”期間各級財政投入水污染防治資金的規模、增減變動情況，檢查是否存在財政投入與水污染防治規劃安排不匹配、不銜接，影響污染防治效果的問題；審計“十二五”期間各級財政投入水污染防治資金的分配、撥付情況，檢查有無虛列支出、擠占挪用等問題，特別是違反中央八項規定精神和國務院“約法三章”的問題；有無內外勾結套取騙取資金，中飽私囊，牟取私利，失職瀆職等問題；查處主管部門與項目單位在水污染防治資金管理使用中的重大違紀違法問題；關注被審計地區國控和省控重點斷面監測數據是否真實準確，核實監測取樣化驗過程是否合規，是否存在監測程序不規范甚至擅自修改數據結果的問題；關注和揭示地方政府及相關單位違背綠色發展理念，對威脅人民群眾健康的突出問題處置不及時以及可能引發群體性事件的其他風險隱患問題。
山西省審計廳要求各市審計局高度重視，認真負責，精心組織。各市審計局局長作為第一責任人，要切實履行主體責任，局長（或分管局長）必須擔任審計組組長，抓好現場審計工作，同時省廳安排一名同志擔任審計組副組長，負責省市協調工作，主審由科長擔任，對審計的質量負責。此次審計統一按照審計署水污染防治資金審計工作方案組織實施，各市審計組要做好審前調查工作，圍繞審計署工作方案編制好本市審計組實施方案，并嚴格按照審計實施方案確定的范圍和內容進行審計，發現重大違法違規問題，及時上報省廳。各市審計組6月20日前完成進點工作，8月31日前向省廳提交審計報告等。
