個稅手續費這個玩意，一個不大不小的東西，實務處理反而千奇百怪。
爭議之處
會計上，到底是個啥，是屬于代收代付性質掛往來款的，還是屬于營業外收入的政府補助，又或者是營業外收入-其他，還是其他業務收入。
稅務上，原來營業稅交不交，現在增值稅交不交，不同諸侯，不同看法，不同地方不同標準。有的地方明確交，有的地方明確不交。公說公有理婆說婆有理！企業所得稅中，是否屬于應稅收入呢？ 反正一個字，亂。
思成的看法：
會計上：喜歡放營業外收入就營業外收入，喜歡放其他業務收入就放其他業務收入，反正一貫性處理就好，實務中也有爭議，但是這個肯定不屬于政府補助，也別以為掛往來就萬事大吉……稅務上，偏向認為增值稅是要交的，企業所得稅上是應稅所得。如果當地有明確說不交，那就不交吧，有的地方明確不交的。
如果是用于獎勵辦稅人員，那么就計入應付職工薪酬核算，滿足條件可以免個稅；用于作為大boss的獎金，計入應付職工薪酬核算，應該并入工資薪金代扣代繳個稅，如果作為財務部門的活動經費，管理費用-福利費才是很好的歸宿。
增值稅怎么弄，按商務輔助服務——經紀代理服務征收增值稅； 所得稅怎么弄，已經計入了其他業務收入（營業外收入），那么自然而然在沒有啥優惠的條件下，就進入應納稅所得額是妥妥的。
看些有參考意義的東西
一起來看財行[2005]365號具體如下：
六、手續費支付管理
(一)稅務機關應按照本通知規定的比例支付“三代”稅款手續費。
(二)稅務機關對單位和個人未按照法律、行政法規或者委托代征協議規定履行代扣、代收、代征義務的，不得支付“三代”稅款手續費。
(三)稅務機關應在“三代”單位和個人申報并結報票款后，按有關規定支付“三代”稅款手續費。對不能及時支付的，應予說明，并在一個季度內結清，最長不得超過6個月。
(四)因稅務機關的原因，未領或少領“三代”手續費的單位和個人，有權要求稅務機關按照規定及時支付手續費。
因“三代”單位和個人自己的原因，三年不到稅務機關領取“三代”稅款手續費的，稅務機關將停止支付手續費。
(五)稅務機關之間委托代征稅款，不得支付手續費。
(六)“三代”單位所取得的手續費收入應該單獨核算，計入本單位收入，用于“三代”管理支出，也可以適當獎勵相關工作人員。
看出，偏向于企業提供了“三代”的勞務，獲取了報酬。這個并不是政府補助，應該是對于企業提供勞務的一種報酬。
會計下：
中華人民共和國財政部會計信息質量檢查公告第32號
財政部駐內蒙古自治區財政監察專員辦事處對北京雙鷺藥業股份有限公司2013年度會計信息質量進行了檢查。
檢查發現，該公司存在多計資產1238萬元、多計利潤1491萬元等違規問題。其中：2013年提前確認銷售收入 5800萬元；將收到的代扣代繳個人所得稅手續費計入“其他應付款”科目并發放給個人，少計其他業務收入17萬元；2013年使用非本單位職工發生的機票、火車票報銷差旅費支出189.2萬元；以不合規發票列支費用163.7萬元。
稅務下：
廈門國稅答復：按商務輔助服務——經紀代理服務征收增值稅。
深圳國稅答復：根據現行稅收法規，代扣代繳個人所得稅的手續費返還應按照“商務輔助服務——經紀代理服務”繳納增值稅。
總局2016年增值稅類熱點問題：5.企業代扣代繳個人所得稅取得的2%手續費返還是否繳納增值稅？
答：按照目前營改增政策相關規定，納稅人代扣代繳個人所得稅取得的手續費收入應屬于增值稅征稅范圍，應繳納增值稅。
